Лишь раз в тысячу лет, когда в небе пролетает комета, на земле пробуждается покемон Джирачи. Этот могущественное существо может исполнить любое желание. Эшу и его друзьям удается познакомиться с Джирачи, но вскоре над миром нависает угроза. Оказывается, силу покемона хочет использовать в своих целях злобный ученый Батлер, который мечтает воскресить самого легендарного и самого сильного покемона из всех.
Только раз в тысячу лет, когда на ночном небе появляется комета, пробуждается покемон Джирачи, который может исполнить любое желание. В этот раз Джирачи обнаружил рядом новых друзей: Эша, Пикачу, Макса и всю остальную компанию. Они должны спасти его от злого волшебника, который хочет использовать невероятную энергию Джирачи, чтобы воскресить самого легендарного и самого сильного Покемона из всех.